Thỏa thuận Hoa Kỳ-Taliban kêu gọi đối thoại và đàm phán nội bộ Afghanistan về "một lệnh ngừng bắn lâu dài và toàn diện" bắt đầu vào ngày 10 tháng 3. Chính phủ Afghanistan không phải là một bên trong thỏa thuận Hoa Kỳ-Taliban và đến ngày 1 tháng 3, Tổng thống Afghanistan Ashraf Ghani từ chối trao đổi tù binh, nói rằng: "Chính phủ Afghanistan không đưa ra cam kết phóng thích 5.000 tù nhân Taliban. [...] Việc thả tù binh không phải là thẩm quyền của Hoa Kỳ, mà là thẩm quyền của chính phủ Afghanistan."[17][18][19] Ghani cũng tuyên bố rằng bất kỳ cuộc trao đổi tù binh nào cũng "không thể là điều kiện tiên quyết cho các cuộc đàm phán", mà phải là một phần của cuộc đàm phán.[20] Vào ngày 2 tháng 3, một phát ngôn viên của Taliban tuyên bố rằng họ "hoàn toàn sẵn sàng" cho các cuộc đàm phán nội bộ Afghanistan, nhưng sẽ không có cuộc đàm phán nào nếu khoảng 5.000 tù nhân của họ không được thả ra. Ông cũng nói rằng thời gian giảm bạo lực theo thỏa thuận đã kết thúc và các hoạt động chống lại lực lượng chính phủ Afghanistan có thể lại tiếp tục.[21]

Tuy nhiên, các cuộc đàm phán giữa chính phủ Afghanistan và Taliban về việc thả tù nhân vẫn bắt đầu như dự kiến vào ngày 10 tháng 3 năm 2020. Trong cùng ngày, Ghani cũng ký sắc lệnh thả 1.500 tù nhân Taliban vào ngày 14 tháng 3, nhưng chỉ khi họ đồng ý ký vào cam kết cam đoan họ sẽ không quay lại chiến trường.[22] Cùng ngày, Hoa Kỳ bắt đầu rút một số binh sĩ.[23] Mặc dù các điều khoản của hiệp định hòa bình được Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc nhất trí ủng hộ,[24] các nguồn tin thân cận với Taliban, bao gồm cả người phát ngôn của Taliban Suhail Shaheen, sau đó thông báo rằng nhóm này đã bác bỏ sắc lệnh trao đổi tù nhân của Ghani và vẫn nhất quyết yêu cầu thả 5.000 tù nhân Taliban.[25][26][27] Vào ngày 14 tháng 3 năm 2020, phát ngôn viên của Hội đồng An ninh Quốc gia là Javid Faisal tuyên bố rằng Ghani đã trì hoãn việc thả tù nhân Taliban, dẫn lý do cần phải xét lại danh sách tù nhân, do đó gây nguy hiểm cho hiệp định hòa bình giữa chính phủ Hoa Kỳ và Taliban.[28]

Ngày 27 tháng 3 năm 2020, chính phủ Afghanistan tuyên bố thành lập nhóm đàm phán gồm 21 thành viên để tham gia các cuộc đàm phán hòa bình. Tuy nhiên, vào ngày 29 tháng 3, Taliban từ chối nhóm này, nói rằng "chúng tôi sẽ chỉ ngồi đàm phán với một nhóm đàm phán tuân thủ các hiệp định của chúng tôi và được thành lập theo các nguyên tắc đã đặt ra."[29] Đến ngày 31 tháng 3 năm 2020, một phái đoàn Taliban gồm ba người đến Kabul để thảo luận về việc thả tù nhân.[30][31] Họ là các đại biểu Taliban đầu tiên đến thăm Kabul kể từ năm 2001.[30] Chính phủ Afghanistan trước đó cũng đồng ý tổ chức các cuộc đàm phán tại nhà tù Bagram.[30] Tuy nhiên, cùng ngày, chính phủ Afghanistan thông báo rằng việc Taliban từ chối đồng ý một lệnh ngừng bắn khác và việc phái đoàn Taliban từ chối có mặt tại nhà tù vào thời gian đã định đều đã dẫn đến hoãn lại việc trao đổi tù nhân.[32][33][34] Sau khi phái đoàn Taliban xuất hiện, một quan chức cấp cao của chính phủ Afghanistan nói với Reuters "việc thả tù nhân có thể diễn ra trong vài ngày tới nếu mọi việc diễn ra theo đúng kế hoạch."[31]

Ngày 31 tháng 3 năm 2020, Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc kêu gọi tất cả các bên tham chiến tuyên bố lệnh ngừng bắn để tiến trình hòa bình tiến triển hơn nữa.[35] Vào ngày 1 tháng 4 năm 2020, có thông tin tiết lộ rằng cả Taliban và chính phủ Afghanistan trên thực tế đã tổ chức các cuộc đàm phán trực tiếp tại Kabul vào ngày hôm trước, không giống như các cuộc đàm phán hội nghị video trước đó và chúng được Ủy ban Chữ thập đỏ quốc tế (ICRC) giám sát.[36] Tuy nhiên, Văn phòng Hội đồng An ninh Quốc gia Afghanistan tuyên bố rằng tiến bộ duy nhất đạt được cho đến nay là "về các vấn đề kỹ thuật" và người phát ngôn của Taliban Zabihullah Mujahid sau đó tuyên bố "sẽ không có cuộc đàm phán chính trị nào ở đó."[36] Bên ngoài cuộc đàm phán, căng thẳng giữa chính phủ Afghanistan và Taliban còn bộc lộ khi chính quyền Afghanistan đổ lỗi cho Taliban về vụ nổ ngày 1 tháng 4 năm 2020 khiến nhiều trẻ em thiệt mạng tại Helmand.[36] Vào ngày đàm phán thứ hai, có sự thống nhất rằng vào ngày 2 tháng 4 năm 2020, có 100 tù nhân Taliban sẽ được trả tự do để đổi lấy 20 quân nhân Afghanistan.[37]

Vào ngày 7 tháng 4 năm 2020, Taliban rời khỏi các cuộc đàm phán trao đổi tù nhân, người phát ngôn của Taliban Suhail Shaheen mô tả chúng là "không có kết quả".[38][39] Shaheen cũng tuyên bố trong một tweet rằng nhóm đàm phán của Taliban được triệu hồi khỏi Kabul vài giờ sau khi rời khỏi cuộc đàm phán.[39] Taliban cũng không đảm bảo được việc thả bất kỳ ai trong số 15 chỉ huy mà họ yêu cầu trả tự do.[38] Những tranh cãi về việc tù nhân nào được trao đổi cũng dẫn đến chậm trễ trong việc trao đổi tù nhân theo kế hoạch.[38] Ngày hôm sau, Faisal khẳng định chỉ có 100 tù nhân Taliban sẽ được thả.[39] Faisal sau đó tuyên bố rằng 100 tù nhân bị giam giữ tại Bagram đã được thả.[40] Taliban từ chối xác minh những thông tin được công bố này, một phần là do việc Taliban rút khỏi Kabul đã ngăn cản "đội ngũ kỹ thuật" của họ xác minh danh tính tù nhân.[40] Do chỉ có chính phủ Afghanistan xác định tù nhân nào được thả nên cũng không thể xác nhận liệu họ có nằm trong danh sách ưu tiên của Taliban hay không.[40]

Vào ngày 17 tháng 5 năm 2020, Ghani đã ký một thỏa thuận chia sẻ quyền lực với đối thủ Abdullah Abdullah, chấm dứt tranh chấp kéo dài về kết quả của bầu cử tổng thống Afghanistan năm 2019 và giao trách nhiệm đàm phán hòa bình cho Abdullah.[41]

Đến tháng 8 năm 2020, chính phủ Afghanistan thả 5.100 tù nhân,[42] và Taliban thả 1.000 người.[43] Tuy nhiên, chính phủ Afghanistan từ chối thả 400 tù nhân trong danh sách của Taliban, vì 400 người đó bị cáo buộc phạm tội nghiêm trọng.[44] Ghani tuyên bố rằng theo hiến pháp ông không có thẩm quyền trả tự do cho những tù nhân này, vì vậy ông triệu tập "loya jirga" (hội đồng thủ lĩnh) từ ngày 7 đến ngày 9 tháng 8 để thảo luận về vấn đề này.[45] Jirga đồng ý trả tự do cho 400 tù nhân còn lại.[44]

Vào ngày 14 tháng 8 năm 2020, một trong 21 thành viên của nhóm đàm phán Afghanistan, là Fawzia Koofi và chị gái bà Maryam Koofi bị các tay súng tấn công gần Kabul. Fawzia Koofi là một nhà hoạt động nhân quyền nổi tiếng tại Afghanistan, là người hay lên tiếng tố cáo Taliban.[46]

Các quan chức Taliban cáo buộc chính phủ Afghanistan cố tình trì hoãn thả 100 tù nhân Taliban nhằm cản trở các cuộc đàm phán. Chính phủ Afghanistan phủ nhận những tuyên bố này, nhấn mạnh rằng tất cả tù nhân Taliban đã được trả tự do.

Tính đến tháng 9 năm 2020, chính phủ Afghanistan đã trả tự do cho khoảng 5.000 tù nhân Taliban sau yêu cầu từ chính quyền Trump. Một nhóm hòa giải của chính phủ vẫn sẵn sàng tới Doha để đàm phán với Taliban, nhưng sự trì hoãn vẫn tiếp diễn.[47]